Se estão com alguns problemas no vosso servidor de MySQL, recomendo que executem o script mysqltuner.pl.
Esta ferramenta é um bom ponto de partida para vos ajudar a resolver problemas de desempenho ou mesmo auxiliar no tuning doMySQL.
wget https://raw.githubusercontent.com/major/MySQLTuner-perl/master/mysqltuner.pl
perl ./mysqltuner.pl
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